1868
Instalación en la Fortaleza del depósito de expatriados españoles, formado por militares que habían participado en el fallido golpe liberal del 2 de enero de 1866, liderado por el general Joan Prim i Prats.
1894 (2 de junio)
Instalación en la Fortaleza del depósito de expatriados brasileños. Un grupo de 148 refugiados políticos brasileños que participaron en la Revuelta Armada de 1893 contra el gobierno republicano de Floriano Peixoto.
1901
Llegan a Peniche 368 refugiados bóeres procedentes de Sudáfrica, que se alojan en la Fortaleza y otros lugares del pueblo hasta el 18 de julio de 1902.
1917
Instalación en la Fortaleza de un Depósito de Concentrados de nacionalidad alemana y austrohúngara. Estos prisioneros no serán liberados hasta octubre de 1919, tras firmarse el Tratado de Versalles.
1934
Instalación en la Fortaleza del Depósito de Presos de Peniche, destinado a los opositores del régimen dictatorial del Estado Novo.
1953
Inicio de las obras de construcción de un nuevo establecimiento penitenciario formado por bloques de celdas siguiendo el modelo americano. Nace la llamada Cárcel de la Fortaleza de Peniche.
1960 (3 de enero)
Tiene lugar la fuga más importante de las diversas fugas registradas de entre los presos políticos. La fuga la llevan a cabo desde el ala de alta seguridad del Bloque C un conjunto miembros del Partido Comunista Portugués entre los que se encuentra Álvaro Cunhal, líder histórico de este partido.
